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水污染对人类的危害可以分为两类:通过水中致病生物而引起的传播蔓延;水中含有有毒物质引起的中毒。生物富集作用又叫生物浓缩，是指生物体通过对环境中某些元素或难以分解的化合物的积累，使这些物质在生物体内的浓度超过环境中浓度的现象。
1953年发现首例怪病，症状初始是口齿不清、步态不稳、面部痴呆；进而耳聋眼瞎、全身麻木；最后神经失常、身体弯弓高叫而死。1955年5月又出现了50多例。经调查分析，是由于含甲基汞的工业污水处理不当，持续排入水俣湾和不知火海水体，通过食物链和生物浓缩后使生物(如鱼和介壳类动物)中毒，人食用有毒生物后，由于摄入甲基汞而引起发病。这种病因最早发现在水俣湾而命名为“水俣病”。据1972年日本环境厅统计，水俣湾和新潟县阿贺野川下游有中毒患者283人，其中60人死亡。1973年两次水俣患者共900多人，死亡近50人，2万多人手不同程度的毒害。
水污染可能导致这些疾病:
癌症——亚硝酸化合物、三氯甲烷
肝病——工业废水及农药所含的毒性有机物、重金属等
结石——高硬度的地 下水
心血管——高含量的无机盐
痴呆症——金属铝等
骨骼症——重金属镉
造血系统疾病——重金属
内分泌紊乱——毒 性有机物、高含量的无机盐、重金属等
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